Remonta su historia a 1530 cuando fray Juan de Zumárraga adquiere dos casas erigidas por los conquistadores Andrés Núñez y Martín López sobre las ruinas de la pirámide de Tezcatlipoca, señor del inframundo y protector de los guerreros en la cultura mexica. Ahí se estableció el Obispado de México, segundo en la Nueva España.
En el año de 1629, al igual que numerosas edificaciones, quedó sepultada bajo el lodo después de una magna inundación. La modesta construcción original fue transformándose, alcanzó sus dimensiones y majestuosidad de Palacio en el siglo XVIII.
Es en 1861, en el marco de las leyes de la Reforma, este edificio se integra al patrimonio de la nación.
Desde 1994 se inauguró como museo de la SHyCP. Cuenta con dos salas de exhibición, la de la Colección Pago en Especie y la de la Colección Acervo Patrimonial.
El museo presenta actividades culturales: música, teatro, danza, conferencias, presentaciones de libros, exposiciones, talleres de artes plásticas (consultar cartelera mensual), envío de programación mensual y eventos. Realiza exposicionestemporales sobre la plástica contemporánea. Cuenta con una sala de proyección táctil dirigida a personas con discapacidad visual. Organiza ciclos de diversas disciplinas artísticas.